日记内容大致如下：
建国初期，百姓生活已经稳定，神州大地百废待兴，为此，国家组织了一个综合科学考察委员会，准备派遣几支考察队分赴国内各地调查资源信息，以便发展我国近百年来一直落后的科学技术。
祖父本是穿行在深山野林中的盗墓之人，与此事八竿子也打不着半点关系，谁知命运就是这么变幻无常，就在他闲来无事之时，竟莫名其妙地被一个叫王秋水的女考古学家找上了门。
祖父由于干着盗墓一行，一直都对国家单位人员避而远之，但是他当时已有二十大几，正是谈婚论嫁的年纪，见到王秋水长得眉清目秀、甜美可人，虽然不知她上门所为何事，但是仍然让其走进了门。
经过几句交谈，祖父方才明白过来，王秋水此次前来，竟是希望祖父加入一支考察队，为国家建设添砖增瓦。
祖父听了，不禁觉得有点荒唐，他们这些盗墓之人，一直都被诟病为国家的蛀虫，怎么现在也能参与国家建设了？
说来也是造化弄人，祖父本想拒绝王秋水的邀请，但是由于他长年挖黄土、钻窟窿，身边少有异性可见，此次看到王秋水这般无论身材、模样、气质、涵养、文化样样俱佳的女子，竟是一眼相中、大为喜欢，为了可以与之继续有所接触，竟然一口答应了下来。
之后，王秋水又通过祖父在盗墓圈子的人际关系，还将十大盗墓帮会的首领一一收入了考察队的编制当中。
就这样，一支聚集了当时盗墓圈子中最有名望之人的特殊考察队就此组建完成。
考察队的编号为零，队长便是王秋水，目的则是发掘东海区域的古代遗迹，祖父在日记中笑称其实就是变相的盗墓，不然集结他们这帮盗墓之人作甚。
随后几年，祖父跟随考察队先后发掘了许多古墓，收集了大量的历史资料。
在考察过程中，祖父和王秋水的男女关系也发生了微妙的变化。
随着感情的深入，祖父也逐渐了解到了王秋水的一些隐私，发现她考察的目的并非单单只是发掘古代遗迹这么简单，好像还在寻找什么东西的线索。
不过祖父毕竟觉悟不高，觉得有吃有喝便已足矣，故而对此并未上心。
之后，王秋水依然带领考察队四处发掘古代遗迹，直至一座东海小岛的秦代古墓。
谁知这次行动，却成了祖父盗墓生涯的一个转折点！
考察队原本在古墓的发掘过程中一直都很顺利，毫无困难地进入了墓中主室。
主室当中放着一口石棺，除此之外再无他物。
众人开棺之后，发现墓主尸体手中的盒子内放有半幅残缺不全的古画！
王秋水打开那幅古画端详了片刻，眼中顿时放出异常兴奋的神色，转而兴高采烈地告诉祖父，她的考察工作取得了历史性的进展！
祖父在替王秋水高兴的同时，便向其询问是什么突破，而王秋水却以国家机密为由拒绝了回答。
祖父一向大大咧咧，对此也没在意，不过仍能隐约猜到，那幅古画可能与王秋水一直以来所寻之物有关。
不料就在此时，一道石门突然将主室的入口封死，接着又释放出了大量毒气。
众人被毒气所侵，纷纷出现中毒反应，均知长此下去，定将命丧于此。
正当众人惊慌之际，墓室底部突然传来一阵响动，接着从石棺后方缓缓升起一块被青铜锁链扣着的古怪晶石，其中生有一株鲜艳欲滴的奇异花草。
众人见状，纷纷猜测那株花草便是解药。
在死亡的恐惧下，曾经称兄道弟的十大盗墓帮会首领竟然开始为了那株花草互相残杀起来，结果九人相继毙命，仅有一人存活下来，场面一时惨不忍睹。
这唯一存活下来的盗墓帮会首领抬头看向晶石中的花草，不禁欣喜若狂，刚想上前将其取出，却被身后一直等待时机的王秋水突然偷袭而亡。
螳螂捕蝉，黄雀在后。
最终，王秋水拿到了花草，并连忙将其吞入口中，不料在吃下花草之后，却突然手捂腹部，痛苦地呻吟了一声，接着便跪倒在地，开始不断地大口吐血。
原来那株花草根本不是什么解药，而是吞下即死的毒物！
众人之中，唯有祖父没有参与争夺，而是忍着中毒反应带来的不适，用炸药破坏了石门，抱着王秋水向古墓外逃去。
二人逃出古墓之后，王秋水已经奄奄一息，临终之前，竟将那副古画交到祖父手中，还不断地向祖父念着两个字。
祖父此时已经悲痛万分，加上那两个字非常生僻，一时没有听懂，只好反复询问。
王秋水使尽全身力气，用口中之血在手中写下了两个字——玄种，这才咽下最后一口气，闭上双眼撒手人寰。
直到此时，祖父方才隐约明白过来，原来王秋水一直在寻找的东西，是一个被称为“玄种”的神秘事物！
可是考察队的成员已损失殆尽，而祖父一直都是被王秋水领导，从未与上级有过任何直接联系，自此也就成了断线风筝。
祖父伤愈之后，再次留意起从东海小岛秦代古墓中盗出的那幅古画，不禁想要知道王秋水到底从中发现了什么，便试着研究了起来。
可是世间之事往往就是这么奇怪，别人能够一眼看穿之物，换了个人，便无论如何也无法摸到门路。
祖父便是如此，即便费了很多工夫，却始终都无法从那副古画中发现任何蛛丝马迹，最终只能作罢。
不过祖父也并未将此事放在心上，毕竟那场揭露人性丑恶的变故早已令他早心生退意。
由于担心自己以后可能会被考察队得上级组织调查，祖父便金盆洗手，隐姓埋名，回到老家娶妻生子，过起了平淡的日子，不过念及和王秋水的过去，还是将那副古画连同日记一起藏在了这间密室的神台暗格中，一直尘封至今。